1949年夏，县成立中国新民主主义青年团（简称青年团）工作委员会，首任书记吴挺。随后区也成立团委会，乡成立团支部。

1953年2月底，青年团肥东县第一次团代会在店埠召开，出席代表469人，选举青年团肥东县第一届委员会。

1956年8月2日至5日，青年团肥东县第二次团代会在店埠召开，出席代表502人。选举青年团肥东县第二届委员会。张映发当选为书记。

1957年，中国新民民主主义青年团改名为中国共产主义青年团（简称共青团）。同年本县小乡并为大乡，即以乡成立基层团委会，农业社成立团支部。

1959年8月，共青团肥东县第三次团代会在店埠召开，出席代表400余人。会议主要内容：（1）贯彻中央三届四中全会精神，开展劳动竞赛；（2）选举共青团肥东县第三届委员会。

1963年1月10日至18日，共青团肥东县第四次团代会在店埠召开，出席代表453人。会议主要内容：（1）贯彻党的八届十中全会精神；（2）选举共青团肥东县第四届委员会。李明志当选为书记。

1969年，县成立三代会（工人、贫下中农、红卫兵），县团委并入。1971年10月团县委恢复。

1972年1月27日至30日，共青团肥东县第五次团代会在店埠召开，出席代表706人。选举共青团肥东县第五届委员会。陈念雅当选为书记。

1979年3月12日至14日，共青团肥东县第六次团代会在店埠召开，出席代表803人。会议主要内容：（1）号召团员、青年争当新长征突击手，把青春献给社会主义四化大业；（2）选举共青团肥东县第六届委员会。茆家严当选为书记。

1983年8月16日至18日，共青团肥东县第七次团代会在店埠召开，出席代表500余人。选举共青团肥东县第七届委员会。薛波当选为书记。

1986年4月28日，共青团肥东县第八次代表大会在店埠召开，会期3天，参加会议代表403人。大会审议通过《振奋精神，投身改革，为实现“七五”计划贡献青春》工作报告。大会选举产生团县委第八届委员会，选举委员29人，常委10人。

1989年4月28日，共青团肥东县第九次代表大会在店埠召开，会期3天，参加会议代表254人。大会审议通过陆平所作的《爱国 改革 创业 奋进，为实现四化振兴中华贡献青春》工作报告；选举产生团县委第九届委员会，选举委员17人，常委7人，陆平为书记。

1994年6月8日，共青团肥东县第十次代表大会在店埠召开，会期3天，参加会议代表259人，列席代表5人，特邀代表7人。大会审议通过丁玉金所作的《求实 创新 开拓 进取 团结带领团员青年在跨世纪的历史进程中建功立业》工作报告；选举产生团县委第十届委员会，选举委员31人，常委9人，丁玉金为书记。

1998年9月18日，共青团肥东县第十一次代表大会在店埠召开，会期3天，参加会议代表260人。大会审议通过浦晓辉所作的《高举邓小平理论伟大旗帜，团结带领广大青年为实现富民强县目标而努力奋斗》工作报告；通过中国共产主义青年团肥东县第十一次代表大会关于工作报告的决议。大会选举产生团县委第十一届委员会，选举委员34人，常委6人，浦晓辉为书记。

2004年12月20日，共青团肥东县第十二次代表大会在店埠召开，会期3天，参加会议代表258人。大会审议通过万锦阳所作的《与时俱进 开拓创新 团结带领全县团员青年为“加快发展、富民强县，全面建设小康社会”贡献青春、智慧和力量》工作报告。大会选举产生团县委第十二届委员会，选举委员31人，常委9人，万锦阳为书记，梁建文、周爱兵为副书记。

2010年5月27日至29日，共青团肥东县第十三次代表大会在县城店埠举行，会期3天，参加会议代表226人。大会审议并通过赵庆一所作的《开拓创新  科学发展为建设更加美好的肥东贡献青春、智慧和力量》工作报告。大会选举产生共青团肥东县第十三届委员会，选举委员31人，候补委员16人，常委11人，赵庆一为书记，席绪芳、张园园为副书记。

2015年6月17日至19日，共青团肥东县第十四次代表大会在县城店埠举行，会期3天，参加会议代表200人。大会审议并通过张园园所作的《凝聚青年力量 勇担光荣使命  在与市同步率先全面建成小康社会的伟大征程中谱写青春华章》工作报告。大会选举产生共青团肥东县第十四届委员会，选举委员31人，常委11人，张园园为书记，杨熙凡、丁庆华为副书记。

2021年2月2日至3日，共青团肥东县第十五次代表大会在店埠镇举行，会期2天，参加会议代表186人。大会审议并通过王磊所作的《不忘初心跟党走  牢记使命青春行 在加快建设“新兴产业高地、合肥东部新城”征程中谱写青春华章》工作报告。大会选举产生共青团肥东县第十五届委员会，选举委员31人，常委9人，王磊为书记，陶婷婷、刘婧子、方元春、王铮、曹光烽为副书记。